水路仅限于库区，衢江航道仅在龙游以下至兰溪段在平水期可通行20-40吨船舶，龙游以上仅有挖运沙石船从事区间运输。2001年-2005年衢江航道疏浚总的疏浚方量为10.4487万立方米，总投资109.93万元。